生鲜配送企业要保障食品安全，首先要保证上游的食品安全，从源头做好防范。可以选择批发市场里资质齐全的档口合作，或者同农户签订合同，严格规定生鲜产品的质量要求。

且长期的合作可以建立相互间的信任感，选择可信赖的生鲜产品供应商，采取以销定采的模式，既可以保证产品的新鲜，也可以提升配送效率。

在食材加工过程中，要避免生食品与熟食品接触，做到不混放、不错放、不乱放。切菜时生食熟食菜刀菜板生熟分开，防止细菌的交叉感染。

完善的冷链物流于生鲜配送企业来说十分重要。因为冷链物流是保证食品安全的重要手段，企业可以选择基础的冷链建设，自建物流体系，改进冷库、冷藏车的制冷技术。

生鲜配送企业可以采取溯源系统技术，从生鲜产品的供应链上游到下游全程追踪，跟踪保障生鲜农产品的质量，跟进鉴别供应链中原材料的特性，保证整个供应链环节的公开透明，同步信息到消费者，获取消费者的信任感，既可以保证食品安全，也可以减少生鲜配送中的损失。

作为生鲜配送企业必须建有农残检测中心，通过农药残留快速测试仪能检测样品中的农药残留量。除了采摘的蔬菜必须经过严格的农残检测，其他配送食材也必须配备检验检疫证明或合格证。利用农产品检测系统检测产品质量，进一步确保"从农田到餐桌"的安全。

生鲜配送公司除了配送蔬菜、水果、肉类等食材，还需要配送一些粮油、米面等。为了保障食材食品安全，配送公司采购人员必须向供货方索取有关票证，以确保食品来源渠道合法、质量安全。

保持配送场地的干净整洁也是保障食品安全的重要一环。需要注意做好防虫防鼠等工作。货品先进先出、分类摆放、标识清晰、方便操作、避免污染或交叉污染。定期检查、清洁，控制化学品的存放和使用，避免虫害、腐败、异味。